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Nella biblioteca sono esposte due sfere armillari in ottone, donate dal matematico Giordano Vitale e dal Barocci. La loro presenza trova una sua spiegazione negli scopi che il Lancisi si prefissava fondando presso la biblioteca, un anno dopo la sua costituzione, l'Accademia Lancisiana.
Nelle intenzioni dello zelante archiatra infatti, l'Ospedale di Santo Spirito doveva costituire una continua palestra per medici, chirurghi e speziali, i quali sperimentando qui ed applicando la loro scienza avrebbero potuto discutere e ragionare delle esperienze fatte in seno all'Accademia e favorito così il progresso scientifico.
Allo scopo di incoraggiare l'osservazione e la sperimentazione scientifica il Lancisi dotò dunque la biblioteca di un buon numero di strumenti. L'elenco di tali instrumenti ci è tramandato da Cristoforo Carsughi, il primo bibliotecario della Biblioteca Lancisiana, che lo pubblicò nel 1718; copia di tale Elenco si trova nel manoscritto lancisiano LXXVII.2.1-295.
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