Il Fondo Lancisi denomina l'insieme dei manoscritti sicuramente provenienti dalla Bibliotheca di Giovanni Maria Lancisi e da questi donati all'atto della fondazione della Biblioteca Lancisiana, che copre un arco di tempo piuttosto vasto, dal secolo XIV al XVIII.

Ne fanno parte numerosissimi volumi contenenti consulti scambiati dal Lancisi con studiosi e scienziati dell’ Europa Savante, in piccola parte pubblicati, ma nella maggioranza dei casi consultabili unicamente in questa forma; questi si presentano talora in forma di minute, talaltra raggruppati in volumi ordinati, come nel caso dei Consulti Italiani e Latini.

Vi sono poi i 22 volumi degli Studia iuvenilia, una sorta di enciclopedia del sapere medico compilata dal Lancisi sulla base di citazioni per autorità. A questi si aggiungono volumi che raccolgono le minute di opere famose del Lancisi, stratificate ed accorpate a volte in modo piuttosto approssimativo e caotico.

Allo stato attuale delle conoscenze fanno parte di tale fondo, tra gli altri, manoscritti filosofici e di argomento giuridico, un codice di Avicenna latinus ed altri del secolo XV ed uno di tragedie di Seneca del secolo XIV e vari altri di argomento medico e ancora, opere di illustri scienziati e medici.