Giovanni Maria Lancisi, fondatore della Biblioteca Lancisiana, nel 1714, era un medico di benestante famiglia borghese e figura di spicco nell'ambiente medico romano, sia in quanto docente di anatomia alla "Sapienza", sia in qualità, dal 1688, di archiatra pontificio, ossia di medico personale del Papa.

Autore di importanti contributi che spaziano dall'anatomia all'igiene, e attivo partecipante della rete culturale e scientifica italiana ed europea, Lancisi aveva già compiuto presso il Santo Spirito, negli anni giovanili, il tirocinio pratico.
I numerosi "consulti", i pareri che venivano forniti generalmente per iscritto ai pazienti illustri, ancora conservati presso la biblioteca, costituiscono una fedele nonché importante testimonianza della sua attività di medico.
Fu proprio la sua precoce esperienza di medico ospedaliero a motivare la decisione di donare la propria collezione di libri all'Ospedale Santo Spirito, luogo della Roma Seicentesca deputato alla formazione pratica del medico colto, e in particolare del chirurgo.

La biblioteca, collocata nel Palazzo del Commendatore (all'epoca la massima carica dell'ospedale), conteneva libri e strumenti scientifici e medico-chirurgici. Si trattava di una fabrica, ossia di un luogo di produzione del sapere in cui, secondo le intenzioni di Lancisi, doveva essere possibile consultare testi, svolgere attività sperimentali, discutere argomenti di medicina e di scienza in pubbliche accademie. Lancisi provvide anche a dotarla di una rendita, e lasciò minuziose prescrizioni in modo tale che potesse  continuare a funzionare anche dopo la sua scomparsa. La struttura della biblioteca rispecchia ancora oggi l'organizzazione degli studi che Lancisi auspicava per un medico, come scriveva a Giovanni Battista Morgagni: "dalla collocazione stessa si scorge il Metodo, col quale uno si deve incamminare allo studio della nostra professione". Si trattava di una formazione enciclopedica.

Così, percorrendo la biblioteca dal lato sinistro, è ancora oggi possibile individuare le grammatiche, i lessici e i dizionari; i testi degli oratori e dei poeti greci e latini; gli storici e gli scrittori di politica; i filosofi greci e i loro interpreti; i matematici; i filosofi sperimentali; i testi di storia naturale, di chimica, di farmacia, e quelli di anatomia e di chirurgia.  Completavano la collezione i testi di medicina legale, i testi sacri, la storia ecclesiastica e la teologia, che non potevano mancare in una biblioteca del mondo cattolico.

Pur mantenendo una certa cautela nei confronti di alcune dottrine contemporanee, Lancisi aveva tuttavia ottenuto una speciale dispensa per possedere libri all'epoca proibiti, come d'altronde accadeva anche per altre biblioteche private.

Oggi la biblioteca conserva circa 20.000 volumi, tra cui 375 manoscritti.
Al suo interno si trovano anche alcuni degli strumenti scientifici originari, come i globi di Vincenzo Coronelli, due sfere armillari e una diottra che, conservata intatta nel corso dei secoli, costituisce una testimonianza unica della cultura scientifica romana in età moderna.